HerrWu's Blog

这篇文章记录使用Cmake安装Lammps过程目标编译的包 mpi并行 kokkos GPU Voronoi Reaxff 系统信息 win11下的wsl2，ubuntu 22.04 更新 sudo apt update sudo apt upgrade 安装基础依赖123sudo apt install cmake build-essential \ ccache gfortran openmpi-bin libopenmpi-dev \ libfftw3-dev libblas-dev liblapack-dev 安装lammps 此处我们下载stable版本 1wget https://download.lammps.org/tars/lammps-stable.tar.gz 解压 1tar xvf lammps-stable.tar.gz 进入lammps目录，建立build文件夹 1cd lammps-2Aug2023/ && mkdir build && cd buil ...

hexo迁徙 设置git git config —global user.name username git config —global user.email email@qq.com ssh-keygen -t rsa -C email@qq.com eval $(ssh-agent -s) ssh-add C:/Users/herrwu/.ssh/id_rsa clip < C:/Users/herrwu/.ssh/id_rsa.pub 添加ssh密钥在github的setting里面 ssh -T git@github.com 建立git仓库 git init git add . git commit -m “first commit” git branch -M master git remote add origin https://github.com/mushroomfire/MyBlog.git git push -u origin master 默认不更新某些文件 git rm —cached . 去除追踪记忆 在.gitignore文件中添加需要忽略的 ...

使用说明更新本库的基本用法目前主要包含以下几个功能 计算原子温度 计算原子结构熵 计算中心对称参数 建立简单晶体模型 建立原子近邻列表 导入必要的package1234import mdapy as mp # 无特殊说明本库简写为 mpimport numpy as npimport taichi as titi.init(arch=ti.cpu) #arch=ti.cpu 使用CPU. # arch=ti.gpu, device_memory_GB=5. 使用GPU [Taichi] version 1.1.2, llvm 10.0.0, commit f25cf4a2, win, python 3.7.3 [Taichi] Starting on arch=x64 查看版本号1mp.__version__ '0.4.0' 读取一个系统可在此处下载example.dump文件 12%%timesystem = mp.System('example.dump') Wall time: 2.96 s 查看系统数据1system.data ...

甜甜香宝最近迷上听rap的香宝下午和我逛小花园之我的拍照技术嘎嘎上升，嘻嘻。

ff68e0d3ddd67740a26dbae1b0e6e49eda9b2e5ed2682f2ce4a9e775f3087d1cb818f837c049c720192faef0775a49e5d116a55aeb82e834765938be8374a81219792409d1cab707f3c43bec5c3ab6609dc38c0f2c91f78a786213b69fc54d89ae624e2c40daa363c8d1b0bcb32342014def0c74799e46bb227c6939e09dd09c7813bdacb9e5fd6bae8fad0d9bd819dcec2cd4031637da13336fd797e02e6409a22c9847adb9ac3dad0235b9c9208baf1a52ffadfe08f94c637a06bae2ae113e524e2e363d1d3f0a728e50e73072d322652defeb5c7dff5096809ae9371d814e75724af132f887b7bc1f0845f68a3b6f67eb50f973d9d670c ...

背景介绍分析冲击波在固体内部的传播有利于研究冲击波的作用以及材料的层裂强度，分子动力学中可以获取每一时刻的冲击波波形，包括其温度，压力，速度等信息，将所有时刻的波形压缩到一张图上，可以直观看出冲击波的传播状况以及分析材料的破坏情况。 数据获取 导入必要的库 1234567import numpy as npimport osfrom pyAnalysis.binning.one_binning import OneBinningfrom pyAnalysis import corefrom multiprocessing import Processimport multiprocessingimport time 计算所有时刻的波形 123456789101112131415def getbin(path, namelist, atype, outpath): if atype == 'Ni': amass = [58.693400] elif atype == 'GraNi': amass = [58. ...

先挖个坑 之后慢慢记录和宝贝的点点滴滴，嘿嘿！

背景介绍钛是一种良好的储氢元素,也可以用来储存氚(氢的同位素),在核物理领域应用十分广泛,但是氚会衰变生成氦元素,这些氦原子在氚化钛晶体中会逐渐聚集形成氦泡,并最终影响基体的力学性质，也就是材料的老化，为了研究其微观性质，我们建立了氚化钛中含氦泡的模型。 建模过程 基础晶体建模，这里在每一个钛晶胞中添加一个氚原子。 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960import numpy as npdef bulid_structure(Lattice_Constant, Structure_Type, x, y, z): """ 该函数用于创建常见金属晶体结构！ :param Lattice_Constant: 晶格常数 :param Structure_Type: 金属晶体结构：FCC, BCC, HCP :param x: x方向拓展个数 :p ...

背景介绍AIREBO势函数是常用的模拟石墨烯，碳纳米管等结构的势函数，其近程相互作用默认在0.17nm-0.2nm之间会有一个非物理的应变硬化，已经有一些研究手动修改截断半径到0.2nm，比如这篇.这里我们简单记录一下测试不同的截断半径对石墨烯单轴拉伸曲线的影响。 建立单层石墨烯这里为了计算快速就建立一个5nmx5nm的小石墨烯，bulid_structure函数见文章.123456789101112131415161718192021222324252627282930def write_data(pos, La, Lb, Lc, filename='grap.data'): print(f'Writing {filename}...') xmin, ymin, zmin = np.min(pos, axis=0) with open(filename, 'w') as op: # First line is a comment line op.wri ...

模型建立基本思想就是建立原胞，然后按照基矢量复制基原子，目前支持BCC,FCC,HCP,graphene等结构，但是目前还不能进行晶相的旋转变换，有时间的话之后再写。123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748import numpy as np def bulid_structure(Lattice_Constant, Structure_Type, x, y, z): if Structure_Type == 'FCC': basis = np.array([[1.0, 0.0, 0.0], [0.0, 1.0, 0.0], [0.0, 0.0, 1.0]]) * Lattice_Constant base_atoms = np.array([[0.0, 0.0, 0.0], ...